بدأت جامعة ظفار العمل رسميًا في سبتمبر 2004 في مقر الكلية الوطنية للعلوم والتكنولوجيا والتي تم دمجها رسميًا في جامعة ظفار. وكان الطلاب المسجلون في تلك الكلية يتبعون مناهج وبرامج جامعة اليرموك في الأردن. وقد سُمح لهؤلاء الطلاب بمتابعة دراستهم تحت مظلة جامعة ظفار. وأصبح برنامج دراستهم في الآداب والعلوم يعرف باسم برنامج جامعة اليرموك وانتهى في عام 2007.

تلقت جامعة ظفار منذ إنشائها دعمًا أكاديميًا وإداريًا من الجامعة الأمريكية في بيروت التي كانت تقوم بتقييم أداء برامجها الأكاديمية حتى عام 2010 لضمان معايير الجودة، ومساعدة جامعة ظفار في بناء مواردها البشرية والإدارية الخاصة بها. وتطبق جامعة ظفار وكلية الآداب والعلوم التطبيقية التابعة لها النظام التعليمي الأمريكي. تم تكليف الجامعة والكلية تحديدًا بطرح برنامج الدبلوم لمدة عامين والبكالوريوس لمدة 4 أعوام فضلا عن الماجستير.

تتكون كلية الآداب والعلوم التطبيقية من ستة أقسام:

• قسم اللغة العربية وآدابها
• قسم علوم الحاسوب
• قسم التربية
• قسم اللغة الإنجليزية وآدابها
• قسم الرياضيات والعلوم
• قسم العلوم الاجتماعية